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一、当前商业秘密保护存在的问题
(一)企业层面缺乏有效自我保护
对浙江省台州市企业的调查发现，企业普遍重生产研制、轻商业秘密保护。89.6%的企业没有建立完备的商业秘密管理机构，没有专职或者兼职从事商业秘密保护的工作人员。受调查企业中有68%只听说过商业秘密保护，但不知道哪些内容可以保护、应当如何保护。64%的企业没有与涉密岗位人员专门签订商业秘密保护协议和竞业禁止协议。28%的企业没有对技术秘密、经营信息进行规范管理。企业商业秘密被侵犯后维权意识不强，有80%的企业发生过泄密事件，其中75%的企业没有采取维权措施。
(二)部门间协同配合有待加强
商业秘密保护涉及市场监管、科技、经信、检验检疫、人社局等各个职能部门以及公安和司法部门。由于管理体制不同，各职能部门的商业秘密保护工作往往局限于自身业务范围，在联手打击侵权行为上缺乏有效配合，没有建立全面深入合作机制。
(三)保护商业秘密的社会氛围不足
以台州为例，多数行业协会没有认识到商业秘密保护对于行业发展的重要的意义，没有将商业秘密保护纳入协会工作重点内容，没有充分发挥协会的规范、引导、自律作用，没有建立起行业商业秘密保护机制，帮助会员单位加强商业秘密保护的方法不多。社会公众对商业秘密认识不请，全社会共同关注、保护商业秘密的氛围还不够浓厚。
二、加强商业秘密保护的对策
(一)发挥政府领导的统筹作用
发挥政府牵头作用，成立商业秘密保护工作领导小组，公安、检察、法院、科技、经信、商贸、财政等单位作为领导小组成员，建立健全领导小组联席会议制度，明确相应工作职责。切实加大财政支持力度，为商业秘密保护工作提供必要的人、财、物保障。政府领导要及时听取相关部门的商业秘密保护工作汇报，定期召开相关会议，研究商业秘密保护的新情况、新问题、新对策。
(二)建立部门协同的联动制度
在地方政府统一领导下建立各司其职、相互协作的执法机制。市场监管、科技、经信、商贸、财政等部门以及公安、检察、法院等机关加强商业秘密案源信息管理，突出建立快速发现机制和案件线索通报制度，加大对侵犯商业秘密行为的联合执法力度，完善商业秘密行政执法与刑事司法衔接，对侵犯商业秘密行为切实做到有投诉必有结果、有案件必严查。分析侵犯商业秘密的新动态，对重大泄密案件进行研讨，提出意见和对策，共同破解商业秘密保护执法难题。注重发挥各自职能作用，加强对企业商业秘密保护的常态化指导。建立起完善的商业秘密行政指导规则体系，指导企业加强重点部位的监控与管理，切实提升商业秘密保护能力。
(三)营造社会关注的商业秘密氛围
有关职能部门应制定专门培训宣传计划，加强多渠道、多载体、多形式的宣传，曝光典型案例，提高全社会对商业秘密保护工作的认知度。引导行业协会、中介组织主动参与商业秘密保护工作，通过订立用工公约等措施降低侵犯商业秘密的风险。
(四)完善企业自主的保护体系
一是健全商业秘密管理机构。商业秘密管理机构应视企业大小和商业秘密管理任务的需要选择相应规模。大中型企业可以组建商业秘密管理专门机构，也可以指定法务部门、知识产权管理部门负责。小微企业或者商业秘密相对较少的企业，可以指定专人负责管理。
二是完善商业秘密保护制度。引导企业根据自身商业秘密的特殊性，确定合理的保护模式，制定分部门、动态性、全过程、符合实际需要的商业秘密保护制度，这些制度包括商业秘密范围界定与密级划分制度、商业秘密载体流转及交接制度、涉密设备与场所管理制度、员工保密协议签署及管理制度等。建立完整的监督约束机制，督查各项保密制度落实，及时消除泄密隐患。
三是采取商业秘密保密措施。保密措施主要是通过对物的约束达到保护商业秘密的效果。这些措施包括物理隔离和技术隔离，通过集中管理、分项利用、文件加密、内外网分离、阅文控制等方法，将商业秘密有效封闭或隔离，把秘密产生、保管和使用的各个环节有效区别开来。
四是实行商业秘密动态管理。根据不同时期的实际经营情况，按照商业秘密的内涵、特征和范围，准确评估、筛选商业秘密，确定保密范围，突出保护重点并适时调整。
五是建立涉密动向跟踪制度。企业内部员工跳槽或自立门户、在职员工违背合同约定泄秘、第三者利用非法手段窃取是商业秘密被侵犯的三种主要途径。因此，企业要对本企业和其他同业竞争企业的相同或类似产品的市场动向进行跟踪，以便在第一时间发现商业秘密被侵犯的线索，及时采取补救措施，更好地维护自身合法权益。